Niektóre urządzenia posiadają możliwość filtracji powietrza, które jest w pomieszczeniu. Dzięki wbudowanym filtrom, klimatyzator potrafi skutecznie wyłapywać najpopularniejsze zanieczyszczenia takie jak np. pyłki czy kurz. Bardziej zaawansowane urządzenia posiadają rozbudowany, wieloetapowy system filtrujący – wówczas usuwa on z powietrza również nieprzyjemne zapachy, alergeny, wirusy czy bakterie. Jego skuteczność oceniana jest nawet na 99%. Część urządzeń ma również wbudowany jonizator powietrza, który wspomaga oczyszczanie powietrza (sterylizuje je przy użyciu jonów), a także działa na polepszenie naszego samopoczucia. Klimatyzator z funkcją oczyszczania powietrza sprawdza się w szczególności w domach, w których mieszkają alergicy.